急診科創建于1984年12月，2011年1月更名為急診醫學部，目前已建成功能齊全、設備先進、配套完善、中醫特色濃厚的標準化急救醫療中心，形成以急性胸痛、卒中、創傷、消化道出血、中毒、動物咬蜇傷為救治單元的急診急救體系，是集臨床、教學、科研三位一體的福建省中西醫結合重點專科，2023年成為國家中醫優勢專科建設單位。2006年至今連續15年被評為“全國青年文明號”。現為中國醫學救援協會螞蟻蜇傷專委會副主任委員單位、福建省中醫藥學會急診分會副主任委員單位、泉州市中醫藥學會急診分會主任委員單位、中國醫學救援協會動物傷害救治分會常務理事單位、中華急診醫學教育學院區域動物致傷規范化救治培訓基地、嶺南中醫急診聯盟單位、福建省衛健委蛇傷二級工作室在建單位。晉江市“第一目擊者”急救志愿服務隊培訓基地。 

科室共有醫護人員132人，其中醫生52人，主任醫師1人，副主任醫師2人，中級職稱19人，住院醫師30人，碩士研究生16人；其中護士80人，副主任護師1人，主管護師15人，護師28人，護士36人。配有急診檢驗科、急診CT、急診MRI，擁有便攜式轉運呼吸機、體外自動心肺復蘇機、除顫儀、自動洗胃機；床邊血氣分析儀、骨髓穿刺輸液系統等各類現代化診療設備，能常規開展各類穿刺術、心肺復蘇術、電復律及電除顫術、氣管插管術、呼吸機使用術、急性心肌梗死PCI治療術、人工心臟起搏術、骨髓腔穿刺術、洗胃術、急性腦梗塞及急性肺栓塞患者靜脈溶栓治療、各類創傷救治、各種動物咬蜇傷救治等項目。

中醫特色診療 急診內科門診形成以石淋、腹痛為主的中醫優勢病種；急診外科門診形成以犬傷、紅火蟻咬傷為主的中醫優勢病種；急診搶救室形成以眩暈、胸痹為主的中醫優勢病種；急診留觀病區（EICU）形成以腹痛（急性胰腺炎）、中風（腦卒中）、蛇咬傷（竹葉青）為主的中醫優勢病種，開展“郭氏六聯療法”治療急性胰腺炎，急診針灸治療急癥、痛癥，“針、罐、藥三位八法”治療蛇傷，“退熱散”敷臍治療小兒發熱，紫草油、燒傷膏外敷治療燒燙傷等中醫醫療技術項目。