同年九月，林賢會同總兵何應元乘勝追剿鄭軍。林賢等率兵駕駛輕快雙篷船直抵三沙、風火門、沙埕港等地，追剿那里的鄭軍。在林賢等指揮下，守備陳應昌在福寧三沙、風火門與鄭軍激戰，擒獲宿鎮下參將王亮、游擊朱尚、都司朱相等；守備陳大捷、何春立、周謝顯在風火門遭遇鄭軍，鄭軍驍翼營將林興率楊自名等獻出大量刀槍、旗幟等投降；守備陳春暉、把總吳玉、林發在沙埕等島遭遇鄭軍宿營副總兵陳起萬等，陳春暉等奮命拼殺，焚燒陳起萬坐船1只、趕繒雙篷舶9只，鄭軍官兵溺水者不計其數；同知陳子威在沙埕遭遇鄭軍水師戰船20余艘，經過戰斗，擒鄭軍水師三鎮林日惠標下副將林麟，繳獲趕繒船1只，大炮3門，銅百子炮3門方。此外，陳子威督率鄉勇直抵三都、長腰、白馬門、瀨嶼等處，剿滅鄭軍吳朝綱和林十巢穴，得獲偽鎮蕭琛營下小趕繒船1只，殺敵數十，活擒敵3名。可見，在康熙十七年（1678年）的戰役中，林賢率領的水師所向披靡，戰無不勝，戰功顯著，充分表現了他熟練的水戰指揮才能。